Die Spannungen, die Du gemessen hast, klingen für mich ziemlich normal. Es war also erstmal ein Wackelkontakt an der Steckverbindung. - Super, Du hast es also gefunden!
Ich hab mein Voltmeter über ein Relais (das ich für die Griffheizung eingebaut hatte) und Sicherung direkt an der Batterie. Das Relais wird dann durch die Zündung eingeschaltet. - Über die kleinen Unterschiede würde ich mir keine Sorge machen; die sehe ich bei mir auch (übrigens ähnlich auch im Auto).
Die gelben Kabel habe ich noch nie angefasst. Da geht immerhin der gesamte LiMa-Strom drüber, aber dass sie richtig heiß werden? Könnte es sein, dass sie schlicht vom Motor geheizt werden? Die LiMa wird bei laufendem Motor ja auch ziemlich warm. - Sind die Kabel auf ganzer Länge gleich heiß (dann würde es wahrscheinlich vom Strom kommen) oder werden sie kühler, je weiter sie von der LiMa weg sind (das würde fürs Aufheizen durch die Lima sprechen)?
Noch eines zum Kontaktspray: Wenn Du das verwendest, solltest Du es nachher gut abwischen oder mit Alkohol abwaschen. Das Zeug ist üblicherweise leicht ätzend und kann auf Dauer die Kontakte angreifen, wenn es lange drauf bleibt.